Для визначення наявності холерного вібріону доступний швидкий тест-смужка. У тих зразках, які мають позитивний результат, слід провести подальше тестування для визначення резистентності до антибіотиків. В епідемічних ситуаціях клінічний діагноз можна поставити, взявши історію пацієнта та провівши короткий огляд. Лікування за допомогою гідратації та безрецептурних розчинів для гідратації можна починати без або до підтвердження лабораторним аналізом, особливо там, де холера є поширеною проблемою.
Зразки калу та мазків, зібрані в гострій стадії захворювання, до введення антибіотиків, є найбільш корисними зразками для лабораторної діагностики. При підозрі на епідемію холери найчастіше збудником є холерний V. O1. Якщо V. cholerae серогрупи O1 не виділено, лабораторія повинна перевірити на V. cholerae O139. Однак, якщо жоден із цих організмів не виділено, необхідно надіслати зразки калу до референс-лабораторії.
Про інфекцію, спричинену V. cholerae O139, слід повідомляти та лікувати так само, як і про інфекцію, спричинену V. cholerae O1. Пов’язану з нею діарейну хворобу слід називати холерою, і про неї необхідно повідомляти в Сполучених Штатах.